2006年春，一篇史学研究文章《反帝反封建是近代中国的历史主题》引起关注。文中，中国社会科学院学部委员、中国史学会会长、中国社会科学院近代史研究所研究员张海鹏驳斥了一些人否定近代中国人反帝斗争的观点。他写道：“研究和解读历史，是非常严肃的事情……如果写成人人心中的历史，则言人人殊，失去历史的本来面目，如果拿这种历史去教育青年，就会贻误青年。”
2007年，由张海鹏主编的《中国近代通史》宣告出版。这套十卷本、550万字的丛书首次以政治史为框架，突破了以往中国近代史只写到1919年的老规矩，贯穿了1840年至1949年中国社会的政治、经济、文化、外交、军事等各领域，是近代史学界公认的“第一部大部头”。
从1999年起，近代史研究所每年组织一次青年学术论坛，这是张海鹏担任中国社会科学院近代史研究所领导后倡导的一项行动。此后，一大批“60后”“70后”从青年学术论坛中脱颖而出，在国内学术界崭露头角。
张海鹏在学术风气上鼓励“百花齐放、百家争鸣”，在学术观点上尊重原创、不压制人。他担任所领导的16年间，从没有主动参加院、所的评奖，而“把机会多留给年轻人”。
